La Fondazione per le scienze religiose Giovanni XXIII promuove e regge giuridicamente l’Istituto per le scienze religiose.
L’Istituto, fondato nel 1953 da Giuseppe Dossetti, è una istituzione scientifica post-universitaria per la ricerca e la formazione alla ricerca nelle scienze religiose.

L’Istituto è dotato di una biblioteca specializzata con oltre 300.000 volumi catalogati informaticamente e con 130.000 annate di periodici. Biblioteca ed emeroteca sono aperte per 48 ore settimanali con una sala di lettura con 50 posti nonché collegamenti SBN, lettori per microfiches e microfilms, fotocopiatrici, fotocamera digitale, scanner, stampante.

La sezione archivistica comprende importanti fondi sulla Chiesa contemporanea: Giovanni XXIII; Concilio Vaticano II; card. Giacomo Lercaro; Giuseppe Dossetti; Lorenzo Milani; Giuseppe Lazzati; Adelaide Coari; Radini Tedeschi; Angelo Spadoni. La pluriennale impresa a carattere internazionale di storicizzazione del Vaticano II si è concretizzata nella Storia del Concilio Vaticano II, 5 volumi editi in italiano, francese, tedesco, inglese, spagnolo, portoghese e russo. L’istituto promuove progetti di ricerca nazionali e internazionali, mediante proprie équipes di ricercatori e con collaborazioni esterne. I risultati delle ricerche sono pubblicati nel quadrimestrale “Cristianesimo nella Storia”, nella Collana de Il Mulino “Studi e ricerche di Scienze religiose” (oltre sessanta titoli) e nella nuova serie “Fonti e strumenti di ricerca”. L’Istituto, infine, coordina l’Alta Scuola europea di formazione alla ricerca storico-religiosa intitolata a Giuseppe Alberigo.